一是实行资金分类管理。适应高校科研工作特点，将繁荣计划专项资金支出分为研究项目资金、非研究项目资金、管理资金，对三类资金的涵义、范围、使用方向及支出范围进行了清晰界定。其中，非研究项目资金指支撑高校哲学社会科学科研机构、团队以及智库运行、优秀成果奖励等繁荣计划建设项目的资金。非研究项目资金由依托学校、受资助机构（或者智库、团队）根据与教育部约定的目标合同，自主编制资金预算，自主决定使用方向，大大增强了科研机构和智库团队负责人在资金管理使用上的自主权。

　　二是建立间接成本补偿机制和绩效奖励制度。把研究项目资金分为直接费用和间接费用，其中直接费用包括图书资料费、数据采集费、会议费/差旅费/国际合作与交流费、设备费、专家咨询费、劳务费、印刷费/宣传费等；首次在哲学社会科学研究资金中设立间接费用，主要用于补偿学校的间接成本耗费和激励科研人员的绩效支出。考虑到社科的特点主要是一种精神劳动，间接费用按照项目资助总额的一定比例核定，提取比例最高达到30%。学校要处理好合理分摊间接成本和对科研人员激励的关系，绩效支出与科研人员在项目工作中的实际贡献挂钩，更好地发挥绩效支出的激励作用。

　　三是明确专家咨询费、劳务费开支范围和标准。专家咨询费是支付给咨询专家的费用，支出标准按照国家有关规定执行。扩大劳务费开支范围，凡参与项目研究的研究生、博士后、访问学者和项目聘用的研究人员、科研辅助人员等，均可支付劳务费，并将项目聘用人员的社会保险补助费用纳入劳务费开支范围。劳务费开支标准参照当地科学研究和技术服务业人员平均工资水平以及参与承担的工作任务确定。

　　四是下放预算编制和调剂权限。简化预算编制科目,将会议费、差旅费、国际合作与交流费合并为一个科目，这三项费用合计不超过直接费用20%的，不需要提供预算测算依据。在项目预算总额不变的前提下，将大部分预算调剂权限按规定下放到学校，支出科目和金额确需调剂的，由项目负责人根据实际需要提出调剂申请，报依托学校批准即可。但是，会议费/差旅费/国际合作与交流费、专家咨询费、劳务费预算一般不予调增，间接费用原则上不得调剂。

　　五是结转结余资金继续留用。对于研究项目资金，项目在研期间，年度结转资金可以在下一年度继续使用。项目完成目标任务并通过验收后，结余资金可以用于项目最终成果出版及后续研究的直接支出，或由项目学校统筹安排用于科研活动的直接支出。结余资金可以用于成果的出版和宣传转化支出，是充分考虑到学术成果出版难、推广难的现实作出的慎重选择，这也是《专项资金管理办法》的一个重大突破。同时也规定，若项目审核验收2年后结余资金仍有剩余的，应当按原渠道退回教育部。对于非研究项目资金和管理资金，按照财政部关于结转结余资金管理有关规定执行。