第七条 项目负责人是“卓青计划”任务的第一责任人，负责具体制定并落实总体计划和目标任务，把握科研创新方向，组建科研创新队伍，培育科研创新成果，规范经费使用等工作。
第八条“卓青计划”所在高校负责对项目推进与实施进行管理和监督，组织预算编报，定期开展检查指导与跟踪问效等工作。
第三章 申报立项
第九条“卓青计划”按照人文社会科学类、自然科学类、创新应用类进行分类管理。“卓青计划”包括“卓青计划--北京高等学校卓越青年科学家项目（以下简称“卓青项目”）和“卓青计划—北京市属高等学校科技创新平台”（以下简称“创新平台”）两部分，分别按照不同的机制体制开展工作。
第十条 “卓青项目”面向北京地区本科层次以上高校开展，人文社会科学类、自然科学类可以申报“卓青项目”；“创新平台”面向北京市属高校开展，自然科学类、创新应用类可以申报“创新平台”，“创新平台”必须按照《北京市属高等学校科技创新平台建设管理办法》进行管理。
第十一条 通过“卓青计划”鼓励并支持高校积极吸纳科研院所、行业企业，尤其是国际创新力量加入“卓青计划”团队。已聘为北京高校高精尖创新中心人员不得申报。
第十二条“卓青计划”负责人为北京高校教师或与北京高校具有稳定合作关系的国际创新人才，有能力组织并领导高水平科研团队，在科研创新上具有赶超国际先进水平的潜力，有能力成为在国内外具有一定影响力的中青年科学家。自然科学类项目负责人年龄限制分为45周岁以下和35周岁以下两档（原则上比例3:1）；社会科学类项目负责人不超过45周岁。
第十三条“卓青计划”采用专家推荐制。人文社会科学类项目推荐人应为高校校长（书记）、科研院所负责人、社科院学部委员或长江学者。自然科学、创新应用类项目推荐人应为两院院士（含京外）、高校校长（书记）或科研院所负责人；每位专家至多推荐3名候选人，每位候选人由3名或以上同领域专家推荐。由项目申请人所在高校统一申报。
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